森林保护学科属林学一级学科下设的二级学科，该学科于2002年由森林保护教研室和气象教研室组建成立，并于2003年获硕士学位授予权，2011年获博士学位授予权。现有专任教师11人，其中教授1人，副教授6人，讲师3人，实验师1人；获博士学位9人，硕士学位2人；现有博士生导师1人，硕士生导师5人，外聘硕士生导师2人。目前，本学科梯队结构合理，专业背景优化，学科发展潜力巨大。

本学科长期致力于森林病虫害、林业微生物资源开发利用、森林火灾管理、气象和环境灾害等领域的教学与科研工作。在松树、毛竹、油茶等南方主要树种的病虫害生态防控技术、森林防火树种的筛选和防火林带建设、森林有害生物普查和自然保护区科学考察等方面有着丰富的学术积累，并形成了林木害虫综合防控、林木病害综合防控、林业资源微生物开发与利用和林业气象与火灾管理等4个稳定的科研领域和学科发展方向。先后承担了国家自然科学基金、国家科技部、国家气象局、江西省自然科学基金、江西省科技厅、江西省林业局等国家与省部级项目共60余项，出版地方优秀教材和国家级教材7部，获省、部级科技进步二、三等奖8项，获江西省优秀教学成果二等奖2项。发表论文300余篇，其中SCI期刊论文50余篇，国内A类核心期刊论文70余篇。

学科建有林木病理学实验室、微生物学实验室、病原分子生物学实验室、昆虫行为学实验室、昆虫生理生态实验室、江西农业大学气象站等实验场所。同时，本学科纳入鄱阳湖流域森林生态系统保护与修复国家林业和草原局重点实验室，先进的实验仪器和设备为研究者提供了良好的工作环境和科研条件。截止2021年，学科共培养了硕士研究生70余人，主要就业方向为科研院所、高校、政府机关和企事业单位。

学科注重对外合作和学术交流，目前与中国科学院、中国林业科学院、西北农林科技大学、北京林业大学、南京林业大学等科研院所和高校开展项目合作，先后有多人次获国家留学基金委资助赴美、英、法、德等国家进行留学或学术访问和学术交流。学科坚持基础研究与应用研究同步发展，立足学科前沿，致力于服务林业大局，促进森林健康。